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    Fullprof模塊簡介及精修相關(guān)問題
    來源:王小z XRD Refineme 時間:2020-05-31 09:11:27 瀏覽:7938次

    本文授權(quán)轉(zhuǎn)載自王小z XRD Refinement

    Fullprof模塊簡介及精修相關(guān)問題


    Fullprof幾乎每年都會進行更新,每個版本更新以及修改都可以在“FullProf_News_Year”中找到。最新的是在2020年5月更新的版本,全平臺支持,且加入了很多新功能。這里就其一些新功能進行說明。

    1、PDF擬合

          新版本基于F語言,加入了PDF擬合模塊(以前就有,該版本特別說明)。依據(jù)CIF文件提前編寫好cfl文件,再調(diào)用終端窗口進行運行即可。這里只給出運行的范例,對該功能與PDFget等的數(shù)據(jù)處理結(jié)果不進行對比,有需要的小伙伴可以自己進行分析比較。用于擬合的cfl文件有簡單的參考模板,可依據(jù)進行學(xué)習(xí)。

    2、層狀材料精修

          Fullprof集成了FAULTS程序,該程序可用來計算缺陷層狀晶體的衍射強度。該工具已被廣泛用于解釋一維無序系統(tǒng)的衍射數(shù)據(jù),其算法利用在隨機堆疊序列中發(fā)現(xiàn)的模式的遞歸性質(zhì)來計算發(fā)生在每個層散射的平均擾動波函數(shù)。使用該軟件可以很好的對LixNi1:02O2 (x ≤0.3) ,設(shè)置精修時,直接設(shè)定每層的原子位置,精修結(jié)果如圖所示。

    3、GLOpSAnn(Global Optimization by Simulated Annealing)

          由粉末衍射數(shù)據(jù)獲得int文件,然后依據(jù)int文件執(zhí)行模擬退火獲得PbSO4的晶體結(jié)構(gòu)。int文件可通過Fullprof主程序獲得,設(shè)置好參數(shù)后,解析結(jié)構(gòu)獲得CIF文件所需時間為2分鐘,并直接給出BVS計算的鍵價結(jié)果;該程序相比Fullprof自帶的模擬退火功能,在編寫cfl后,加以鍵價的匹配,運行速度會更快。


    二、問題講解


     Fullprof作為一款免費的晶體學(xué)軟件,其重要的功能便是粉末衍射精修,然而該軟件上手難,參考資料少,使用過程中總出現(xiàn)其特有的或是精修共有的一些問題,這里收集了部分后臺留言問題,根據(jù)個人經(jīng)驗進行解答分析,不當(dāng)之處請指正。

    問題1峰型不對稱性如何修正?修正參數(shù)和GSAS的有何區(qū)別?

    解釋:目前使用Fullprof進行粉末衍射精修,X射線衍射峰描述使用的是經(jīng)驗性的峰型函數(shù)“pseudo-Voigt”或者“Pearson VII”。該函數(shù)是不具備非對稱性的,非對稱性修正采用的是如下公式:

    方法1:如果使用的是“pseudo-Voigt”函數(shù),需要在pcr文件中AsyLim給定非對稱角度,代表修正低于給定角度的非對稱性。比如:AsyLim 40,即代表:修正40°以下的非對稱性。

    此時,可修正的參數(shù)為 P1, P2, P3, P4。      

    修正前    

    修正后

    具體在軟件中操作位置如下:


    方法2當(dāng)然,大家可能發(fā)現(xiàn)在GSAS中修正參數(shù)常見的是S/D,其實這是使用另外一種峰型函數(shù)?!?/span>Thompson-Cox-Hastings pseudo-Voigt convoluted with axial divergence asymmetry”,當(dāng)使用該函數(shù)描述峰型時,修正的參數(shù)即為S_L, D_L。對兩個參數(shù)的定義如下:S_L is source width/detector distance;D_L is detector width/detector distance。在軟件界面修正位置如下:



    問題2、描述衍射峰型的參數(shù)U、V、W以及Eta等應(yīng)該怎么選?

    解答:峰型描述是粉末精修中的一個難點。峰型擬合的好壞直接影響精修結(jié)果,且峰型含有諸多信息。這里我們以經(jīng)驗 “pV”函數(shù)為例進行說明。

    “pV”函數(shù)表達(dá)式如下:

    方法:精修默認(rèn)初始值U = 0.004,V = -0.008,W = 0.006,Eta = 0, x = 0.018;這一系列數(shù)值是不能很好的描述常見的X衍射峰型的,因此對初始精修造成了一些困難,如果我們在精修之前就知道大致的峰型參數(shù),再去精修,事情就會變得簡單多了。Fullprof中的WinPLOTR可以實現(xiàn)我們的想法,具體操作如下:

    1. 打開WinPLOTR,打開要精修的數(shù)據(jù);

    2. “Points Selection”——“Peak search”,選擇doublets;

    3. “Calculations”——“Profile fitting”。進行峰型擬合,運行結(jié)束后如圖所示,此時,擬合結(jié)果一般,繼續(xù)擬合;

    4. 峰型擬合一般,返回工作目錄下,打開.NEW文件,將“U、W、Eta”的Flag進行修改,隨后進行如下步驟:“Calculations”——“Fit with.NEW”,選擇修改后的.NEW文件,隨后選擇數(shù)據(jù)文件,運行結(jié)果如下:此時,chi2 = 13.21;

    5. 重復(fù)第四步,將“U、W、Eta、Bac.、以及FWHM”的Flag進行修改,經(jīng)過多次循環(huán),最終chi2 = 3.94,擬合結(jié)果如下圖所示,同時,峰型描述的初始值我們已經(jīng)得到,打開.NEW文件,找到U、V、W等參數(shù),將該參數(shù)作為精修的初始參數(shù)即可。


    問題3精修后數(shù)據(jù)如何導(dǎo)出?怎么作圖?

    回答:這一步雖然不難,但是對于新手也算是一個盲點。精修完成后需要將數(shù)據(jù)進行輸出作圖,誰不喜歡原創(chuàng)呢,誰愿意截圖,涉及到的軟件為Origin。

    1.精修完成之后,去精修目錄找到.prf文件,使用WinPLOTR打開,打開如下,默認(rèn)顯示四種數(shù)據(jù),紅色框內(nèi)所示;

    2. “File”——“Save data as”,選擇XYY格式,保存;

    3. 將數(shù)據(jù)導(dǎo)入Origin,如下:

    4. 全選所有數(shù)據(jù),作圖使用“Line”模式,如下:

    5. 選中圖形,右鍵“Ungroup”,將每個數(shù)據(jù)進行區(qū)分;然后雙擊數(shù)據(jù)線進行格式修改;

    6. Yobs選中Scatter,顏色和樣式依據(jù)個人喜好,這里我選擇的是紅色圓圈;

    7. 其余的Ycalc和Yobs-Ycalc都是line模式,顏色我這里選擇的分別是黑色和藍(lán)色;

    8. Bragg_position,選擇Scatter,下拉選擇“小豎線”,修改顏色和粗細(xì)即可;修改后結(jié)果如下:


    9. 最后調(diào)整一下字體,邊框粗細(xì)和坐標(biāo)范圍即可,最終結(jié)果如下;

    10. 為了便于作圖,可將該圖形保存為模板,下次作圖一鍵使用模板即可,方便快捷。

    免責(zé)聲明:本資源來源于王小z XRD Refinement,版權(quán)歸原作者所有,本文僅作交流學(xué)習(xí)之用,不作任何商業(yè)用途,若有侵權(quán),請聯(lián)系刪除,謝謝理解!

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    12條評論
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    全部 3小時前 四川
    文字是人類用符號記錄表達(dá)信息以傳之久遠(yuǎn)的方式和工具?,F(xiàn)代文字大多是記錄語言的工具。人類往往先有口頭的語言后產(chǎn)生書面文字,很多小語種,有語言但沒有文字。文字的不同體現(xiàn)了國家和民族的書面表達(dá)的方式和思維不同。文字使人類進入有歷史記錄的文明社會。
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