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項目介紹

真核生物染色體是由DNA分子包裹組蛋白形成的核小體結構并通過一系列折疊過程而形成的。大多數(shù)基因組中的染色質都緊緊纏繞在細胞核內，一部分呈松散的狀態(tài)。為染色質開放區(qū)。而DNA的復制轉錄是需要將DNA的緊密結構打開，打開的染色質允許其他調控因子結合的特性。因此認為染色質的可及性與轉錄調控密切相關。

斯坦福大學的研究人員2013年在Nature Methods首次發(fā)表。Greenleaf實驗室的Buenrostro等發(fā)布了一項整合的、多維的遺傳學分析方法，這種方法通過Tn5轉座酶將測序的adapters插入到基因組上的“可接近”區(qū)域來標記調控的區(qū)域。這種轉座酶可接近性染色質的研究方法(assay of transposase accessible chromatin, ATAC-seq)可以最少只利用大約500個細胞就可以快速的得到調控的多維信息，比其他方法要節(jié)省大約3到5個數(shù)量級的細胞。并且由于ATAC-seq的實驗流程中沒有片段選擇的步驟，所以這種方法可以同時獲得“開放”染色質的位置、轉錄因子的結合位點、核小體的調控區(qū)域和染色質狀態(tài)等信息。

實驗流程

樣品要求

單細胞核懸浮液

濃度：3000-5000個細胞核/ul；體積：＞50ul；核膜完整性較好。

單細胞懸浮液

濃度：500-2000個細胞/ul；細胞總數(shù)：＞10⁶ ；細胞活性：＞90%。

項目案列

轉錄因子鑒定細胞類型

轉錄因子與細胞類型

Peak峰共可及性分析

細胞聚類

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