亚洲欧美日本视频在线观看-国产精品粉嫩一区二区-欧美高清在线不卡视频-日韩乱码在线高清观看

快捷下單入口關(guān)于合作招聘新人手冊(cè) 會(huì)員中心

熱線：400-152-6858

測(cè)試狗科研服務(wù)

預(yù)存免費(fèi)試測(cè) 登錄

Document

當(dāng)前位置：文庫(kù)百科 ? 文章詳情

pyFAI軟件的安裝和簡(jiǎn)單使用處理2DXRD數(shù)據(jù)

來(lái)源：時(shí)間：2022-10-20 14:08:20 瀏覽：3155次

今天介紹一個(gè)軟件pyFAI?？梢杂脕?lái)將2D的XRD數(shù)據(jù)校準(zhǔn)并轉(zhuǎn)換成1D的XRD數(shù)據(jù)。其中包括pyFAI的安裝以及簡(jiǎn)單使用。用這個(gè)軟件的原因是在上海光源得到的二維衍射數(shù)據(jù)是CBF格式的，而Fit2D無(wú)法處理這個(gè)格式的數(shù)據(jù)。故用此軟件進(jìn)行處理。

01

pyFAI軟件介紹

PyFAI是一個(gè)python庫(kù)，可以用于區(qū)域探測(cè)器獲取的x射線/中子/電子散射數(shù)據(jù)的方位集成數(shù)據(jù)。軟件提供了校準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)裝置的工具，可以根據(jù)樣品和入射光束來(lái)定義探測(cè)器在空間中的位置。軟件還可以將批量將2D的XRD數(shù)據(jù)校準(zhǔn)并轉(zhuǎn)換成1D的XRD數(shù)據(jù)。

詳情見(jiàn)：pyFAI官網(wǎng)

02

pyFAI軟件可以處理的數(shù)據(jù)類型

主要用來(lái)處理tiff、cbf、edf、esper、img、dm3、hdf5、mar2000、mccd、f2d等一系列圖像格式數(shù)據(jù)

03

pyFAI軟件的安裝

1. 去python官網(wǎng)下載最新版python
2. 安裝時(shí)候把環(huán)境變量勾上，假如沒(méi)有就裝完自己添加，具體什么是環(huán)境變量以及如何安裝環(huán)境變量可百度
3. 下載anaconda，安裝時(shí)候勾選環(huán)境變量。（Anaconda可以便捷獲取包且對(duì)包能夠進(jìn)行管理）
4. 在開(kāi)始菜單搜索anaconda，找到并打開(kāi)anaconda powershell 命令。
5. 輸入pip install pysaxs 回車,即可安裝pysaxs、pyFAI兩個(gè)軟件
6. 輸入pyFAI-calib2 回車，即可打開(kāi)pyFAI校準(zhǔn)窗口

7. 輸入pyFAI-integrate 回車，即可打開(kāi)pyFAI積分窗口

04

pyFAI簡(jiǎn)單使用

1. 校準(zhǔn)(calibrate)

1.1打開(kāi)軟件。

打開(kāi)anaconda powershell 輸入pyFAI-calib2 回車

1.2 Experiment settings:

1. 導(dǎo)入文件image file；

2. 選擇探測(cè)器(Dectris-Pilatus-2M)；

3. 注意探測(cè)器的size和導(dǎo)入文件大小保持一致，假如不一致，后續(xù)會(huì)報(bào)錯(cuò)；

4. 輸入能量或者波長(zhǎng)；

5. 選擇校準(zhǔn)物質(zhì)LaB6；

6. 假如圖像看不清可以設(shè)置一下顏色，推薦使用colormap（顏色格式）選擇Viridis，normalization（歸一化）選擇Arcsinh；

1.3 mask(蒙版/掩膜)

1. 蒙版的作用：個(gè)人理解是處理數(shù)據(jù)前調(diào)整一下圖像，遮住錯(cuò)誤的像素，光束陰影，使得后面處理圖像更加容易。官方解釋：繪制一個(gè)蒙版，即包含無(wú)效像素列表(無(wú)閃爍，模塊間隙，光束阻擋陰影，…)的圖像。這將打開(kāi)一個(gè)PyMca窗口，讓你用不同的工具(筆刷，矩形選擇，…)繪制第一張圖像(提供的)。當(dāng)您完成時(shí)，回到控制臺(tái)并按回車鍵。掩碼圖像被保存到文件中。

2. 用多邊形工具遮住光束陰影，用圓形工具遮住光束中心。

3. 使用閾值來(lái)屏蔽一些像素。點(diǎn)擊threshold的幾個(gè)按鈕，按需設(shè)置，設(shè)置完按mask below確定。我沒(méi)設(shè)置。

4. 保存蒙版文件，格式可以用EDF/TIFF?？梢圆患敝４?，后續(xù)還會(huì)有操作還調(diào)整蒙版。全部調(diào)好再保存，后面積分步驟會(huì)用到。

1.4 Peak picking

1. 目的：把衍射環(huán)標(biāo)出來(lái)。是為了下一步的擬合光束中心用。

2. 擬合方式：用第一個(gè)環(huán)形工具或者第二個(gè)弧線工具來(lái)標(biāo)記環(huán)。此工具會(huì)自動(dòng)把環(huán)標(biāo)出來(lái)。（我猜測(cè)應(yīng)該是利用尋找相同像素的方式來(lái)找環(huán)）

1.5 Geometry fitting(擬合光束中心)

1. 根據(jù)上一步的衍射環(huán)來(lái)擬合光束中心。點(diǎn)擊fit。從而得到Distance(光束到探測(cè)器距離)、PONI、rotation(探測(cè)器的偏轉(zhuǎn)角度)

2. 假如發(fā)現(xiàn)擬合的中心肉眼可見(jiàn)不太對(duì)，則回到上一步重新調(diào)整衍射環(huán)。

1.6 cake&integration

1. 根據(jù)衍射環(huán)的位置積分出LaB6的一維XRD。假如發(fā)現(xiàn)有一些未知的峰，右鍵標(biāo)記，再回到Mask的步驟用幾何形狀遮住標(biāo)記的無(wú)效像素。再回來(lái)擬合。

2. 可以調(diào)整積分算法。bounding box。如any+CSR+cython

3. 假如發(fā)現(xiàn)衍射線點(diǎn)數(shù)太少?？梢哉{(diào)整radial points。來(lái)讓曲線更平滑（如把2014改成4000）

4. 保存儀器參數(shù)文件。save PONI file。后面積分過(guò)程中會(huì)導(dǎo)入

5. 保存LaB6積分曲線。

2. 積分(integrate)

1. 打開(kāi)軟件。打開(kāi)anaconda powershell 輸入pyFAI-intergrate 回車

2. 調(diào)整窗口大小

3. 導(dǎo)入儀器參數(shù)文件（PONI格式）。點(diǎn)擊import from file，導(dǎo)入校準(zhǔn)過(guò)程中保存的儀器參數(shù)文件。

4. 導(dǎo)入mask蒙版文件。勾選mask file，點(diǎn)擊三個(gè)點(diǎn)，導(dǎo)入mask文件。

5. 填寫極化因子，勾選polarization factor，填寫。（如：0.95）

6. 填寫積分曲線的2θ范圍。勾選radial range，輸入起止角度。

7. 修改積分后的點(diǎn)數(shù)。點(diǎn)數(shù)=（終止角度-起始角度）*100

8. 選擇積分算法。如：any+CSR+cython。

9. 選擇需要積分的文件。點(diǎn)擊batch processing。選擇一個(gè)或者多個(gè)文件。積分好文件會(huì)自動(dòng)保存在積分的文件目錄下。

10. 保存這次積分的各種參數(shù)，下次積分直接導(dǎo)入就可以不用重復(fù)填寫參數(shù)。點(diǎn)擊save config，保存文件。

05

創(chuàng)建快捷方式

根據(jù)自己安裝的位置找到pyFAI-calib.exe 及pyFAI-integrate.exe的位置，例如D:\anaconda\envs\pyfai\Scripts文件夾下可以找到。

右鍵點(diǎn)擊pyFAI-calib.exe 及pyFAI-integrate.exe，發(fā)送到桌面快捷方式。即可在桌面直接打開(kāi)。

來(lái)源：知乎-尋上

上一篇：不同類型的透射電鏡測(cè)試樣品的收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)有哪些？

下一篇：二次離子質(zhì)譜儀在生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域中的用途是什么？

相關(guān)文章

基礎(chǔ)理論丨一文了解XPS（概念、定性定量分析、分析方法、譜線結(jié)構(gòu)）

2020-05-03

晶體結(jié)構(gòu)可視化軟件 VESTA使用教程（下篇）

2021-01-22

手把手教你用ChemDraw 畫化學(xué)結(jié)構(gòu)式：基礎(chǔ)篇

2021-06-19

【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（上）

2019-10-25

【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（下）

2019-10-25

Zeta電位的基本理論、測(cè)試方法和應(yīng)用

2020-08-24

項(xiàng)目推薦/Project

同步輻射XRD

熱門文章/popular

基礎(chǔ)理論丨一文了解XPS（概念、定性定量分析、分析方法、譜線結(jié)構(gòu)）

晶體結(jié)構(gòu)可視化軟件 VESTA使用教程（下篇）

手把手教你用ChemDraw 畫化學(xué)結(jié)構(gòu)式：基礎(chǔ)篇

【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（上）

電化學(xué)實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)之電化學(xué)工作站篇（二）三電極和兩電極體系的搭建和測(cè)試

【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（下）

微信掃碼分享文章

意見(jiàn)反饋

有獎(jiǎng)舉報(bào)

商務(wù)合作

...

更多

公眾號(hào)

關(guān)注我們了解更多

小程序

隨時(shí)預(yù)約掌握進(jìn)度

舉報(bào)有獎(jiǎng)

TEL: 191-3608-6524

如：在網(wǎng)絡(luò)上惡意使用“測(cè)試狗”等相關(guān)關(guān)鍵詞誤導(dǎo)用戶點(diǎn)擊、惡意盜用測(cè)試狗商標(biāo)、冒稱官方工作人員等情形，請(qǐng)您向我們舉報(bào)，經(jīng)查實(shí)后，我們將給予您獎(jiǎng)勵(lì)。

舉報(bào)內(nèi)容：

200

上傳附件：

文件格式不正確，請(qǐng)重新上傳文件格式不正確，請(qǐng)重新上傳文件格式不正確，請(qǐng)重新上傳

文件格式：jpg、jpeg、png、gif、tif、doc、docx、ppt、pptx、xls、xlsx、pdf、zip、rar

聯(lián)系方式

姓名

電話

提交意見(jiàn)

意見(jiàn)反饋

Suggestions

您可以在此留下您寶貴的意見(jiàn)，您的意見(jiàn)或問(wèn)題反饋將會(huì)成為我們不斷改進(jìn)的動(dòng)力。

意見(jiàn)類型

測(cè)試服務(wù)

網(wǎng)站功能

財(cái)務(wù)報(bào)賬

其他類型

意見(jiàn)內(nèi)容

200

聯(lián)系方式

姓名

電話

提交意見(jiàn)

收起

01

專屬信用額度，先測(cè)后付0元下單

02

下單享高額積分，萬(wàn)千好禮免費(fèi)兌

￥200

200元無(wú)門檻優(yōu)惠券

立即激活立即下單

已使用

已作廢

了解更多會(huì)員權(quán)益

全流程在線可視化，便捷高效觸手可及

如下單過(guò)程中有任何疑問(wèn)或需要幫助，請(qǐng)隨時(shí)咨詢專屬顧問(wèn)~

9折

9折無(wú)門檻優(yōu)惠券

支付一筆訂單后可領(lǐng)取

立即領(lǐng)取立即下單

已使用

已作廢

免費(fèi)測(cè)+驚喜盲盒+高額福利，多重福利大放送

新人免費(fèi)測(cè)

雙雙開(kāi)盲盒（100%中獎(jiǎng)）

邀請(qǐng)人專享

受邀人專享

立即邀請(qǐng)

創(chuàng)建/加入團(tuán)隊(duì)，解鎖定制化權(quán)益

01

1500元團(tuán)隊(duì)專屬優(yōu)惠券

02

萬(wàn)元大額信用額度，享先測(cè)后付

03

團(tuán)隊(duì)成員統(tǒng)一開(kāi)票報(bào)銷；

04

專業(yè)工程師課題專屬服務(wù)

領(lǐng)取成功，請(qǐng)下單

請(qǐng)您支付一筆訂單后才可以領(lǐng)取優(yōu)惠券

Document